Le monde d'Arata bascule le jour où un cataclysme connu sous le nom de "phénomène destructif" frappe sa ville et expédie sa cousine Hijiri dans une autre dimension. Pour en apprendre davantage sur ce mystérieux phénomène et retrouver sa cousine, Arata intègre l'école royale Biblia. Il y fait la rencontre de sept filles sublimes et surpuissantes: les mages du Trinity Seven!