Michelangelo, Leonardo, Donatello et Raphael, les quatre frères Tortues Ninja, sont finalement sortis, pour la première fois, des égouts protecteurs où ils ont vu le jour. Ils découvrent avec bonheur la ville de New York et, plaisir ultime, la PIZZA! Mais alors qu'ils courent de toits en toits, ils sont témoins du kidnapping d'une jeune fille et de son père! Qui sont ces hommes en noir qui semblent insensibles aux coups des ninja? Et pourquoi ont-ils un drôle de cerveau en plein milieu du ventre??