Negi a obtenu son diplôme de magie et devient professeur principal de la 3-A. Mais alors qu’une nouvelle année commence, des agressions ont lieu les soirs de pleine lune sur le campus de l’école... Negi et la 3-A partent à Kyôto sous couvert de voyage scolaire car le jeune magicien est à la recherche d’indices concernant son père...