Autriche, 1939. De curieux événements se produisent au château de Hunte, dans lequel les nazis ont réuni plusieurs scientifiques d'Europe. An 2000. Hellboy est envoyé sur les lieux par le Bureau de la Recherche Paranormale et de la Défense. Il va à la rencontre d'un mystérieux engin, frappé de la croix gammée, qui reviendrait d'un voyage de 61 ans aux confins de l'espace...