Trois ans se sont écoulés depuis le "grand changement" durant lequel la situation de Boruto et celle de Kawaki se sont inversées. Jûbi, que manipule Code, évolue vers un shinju doté d'une conscience, et le monde doit faire face à une nouvelle menace ! Quant à Sasuke, il a été, lui aussi, absorbé par un arbre... Boruto revient de nouveau au village, mais Mitsuki l'attaque brusquement... !