La VIe Grande Guerre Ninja n'est plus qu'un lointain souvenir et la paix s'est installée. Mais un ennemi ressemblant étrangement à Kaguya fait son apparition et s'attaque à Killer Bee... Sasuke enquête dans l'ombre et rentre pour prévenir Naruto du danger ! A Konoha, on prépare l'examen des ninjas pour passer ninja de moyenne classe. Boruto, le fils de Naruto, doit y participer en compagnie de Sarada et de Mitsuki.
Boruto demande alors à Sasuke, le compagnon d'armes de son père, de le prendre comme disciple...