Kyôto, 1863. Nio et Iroha, deux jeunes orphelins sont manipulés par deux samouraïs, surnommés "Miburo" par les kyotoïtes, pour servir d'appâts afin d'arrêter un groupe de malfaiteurs kidnappant les enfants dans la capitale. Pour se faire pardonner, Sôji et Hijikata proposent à Nio de devenir le troisième loup. Ce dernier, lassé de voir les injustices de ce monde, accepte, bien déterminé à redresser cette société dont les enfants subissent les travers.