Le jour du festival Picori, Link et la princesse Zelda se rendent à un tournoi de combattants. Le vainqueur est un étrange personnage connu sous le nom de Vaati. Il réclame alors la Force de la Lumière et transforme la princesse en statue de pierre. Afin de sauver son amie, Link doit obtenir le pouvoir de l'épée Picori qui a été brisée en plusieurs morceaux. Parviendra-t-il à retrouver chacun d'entre eux et à la reforger avant son ennemi?