Yûgi et ses amis se reposent après la fin du Battle City. Un repos de courte durée, puisque Yakô Tenma, le directeur d'Industrial Illusion qui vient de s'emparer de la Kaiba Corporation, invite Yûgi à entrer dans son jeu maléfique. Tenma a enlevé Anzu pour provoquer Yûgi. De plus, il vient le défier avec une nouvelle carte de dieux?