Kamui Shiro est très jeune lorsque sa mère périt dans un grand incendie. Six ans plus tard, Kamui revient à Tokyo, désabusé et solitaire. Il ne veut plus voir personne. Pourtant, dès son arrivée, des gens très étranges l'abordent. Une ultime bataille approche pour décider du destin de la Terre et Kamui doit y jouer un rôle décisif. En choisissant son camp, il scellera l'avenir de l'humanité.