Les X-Men découvrent que les êtres humains du monde entier ont soudainement disparu. Qu'il s'agisse de gens ordinaires ou de héros tels que les Avengers ou les Quatre Fantastiques, tous se sont mystérieusement volatilisés. Les X-Men vont alors se réunir et enquêter, espérant trouver le moyen de ramener les homo sapiens sur Terre. Mais certains mutants ne souhaitent pas leur retour...