Kuga Yûma est un étudiant étranger qui vient d'arriver dans la ville de Mikadoshi. Mikumo Osamu, un autre élève de sa classe est chargé de s'occuper du nouveau venu, mais le premier jour à la sortie des cours, ils assistent à l'ouverture d'une brêche dans la réalité, et à l'apparition d'un Naver, race d'envahisseur qui vient d'un monde parallèle. Aussitôt, Mikumo intervient et utilise une arme (Trigger) qui lui permet d'augmenter ses capacités. Il travaille pour l'organisation BORDER, qui combat les Navers qui cherchent à s'introduire sur Terre. Alors qu'il est en facheuse posture, Mikumo est sauvé par Kuga, qui lui aussi possède un Trigger ! Qui est-il vraiment, et pourquoi venir dans cette école ?