Ll y a 36 ans, une épaisse végétation a brusquement envahi Tokyo, donnant naissance à des fleurs-parasites mortelles appelées "jinka". Ces plantes monstrueuses contaminent les êtres humains grâce à leur pollen, puis se nourrissent d'eux avant de fleurir, condamnant alors leur hôte. Au coeur de la capitale nippone devenue un enfer végétal, deux orphelins, Kingo et Kayano, tentent de survivre jour après jour...
Mais leur quotidien bascule lorsque la Force Funéraire Florale, dont la mission est d'éradiquer les jinka, découvre que Kayano est porteuse d'un de ces redoutables parasites... Pour Kingo, qui a juré de remuer ciel et terre pour que sa soeur adoptive redevienne humaine, un terrible combat commence !