Une année s'est écoulée depuis la grande bataille de l'Académie Cross... Zero continue d'aller en cours tout en chassant les vampires tueurs d'humains, tandis que Yûki se cache au palais des Kuran. C'est dans ce contexte que s'ouvre la première réunion interraciale entre le nouveau Sénat des vampires et la Guilde des hunters. La nouvelle saison de Vampire Knight a un goût de tragédie et de sang!