Au sein de l'Académie Cross, les vampires cohabitent secrètement avec les humains. Le jour, l'institution accueille les élèves ordinaires de la Day Class, qui laissent place aux membres de la Night Class une fois le soleil couché. Yûki, la fille adoptive du directeur, connaît la vérité. En compagnie de son ami Zero, elle est même chargée de préserver la paix au sein de l'établissement. Mais l'adolescente est tiraillée entre les sentiments qu'elle éprouve pour Kaname, le mystérieux vampire qui lui a sauvé la vie lorsqu'elle avait cinq ans, et sa loyauté envers Zero, ouvertement hostile aux créatures de la nuit...