Aï, la reine des vampires, dont la communauté vit à présent enfermée dans des forteresses coupées du reste du monde, retrouve Taro, un jeune humain qu'elle avait autrefois secouru. Il lui apprend qu'à l'extérieur, son père, l'empereur, a instauré une dictature et que le peuple est soit victime de modifications biologiques, soit réduit en esclavage. La reine vampire et le prince impérial humain n'auraient jamais dû se croiser et comme nous le constaterons, cet événement va changer le monde ! Nul besoin de présenter Vampire Knight, l'un des shôjos les plus appréciés des lecteurs du monde entier.
Mémoires lève le voile sur ce qui s'est passé après le dernier tome de Vampire Knight, pour le plus grand bonheur de tous les fans de la série.