Exorciser des démons et combattre des ninjas est le quotidien d'Usagi Yojimbo, un samouraï sans maître qui erre à travers le Japon féodal pour combattre l'injustice et cultiver ses talents guerriers et spirituels. Alors qu'il voyage par monts et par vaux, traversant villes et campagnes dans sa quête de l'harmonie, Usagi est confronté à toute une galerie de personnages tous plus particuliers les uns que les autres: un village de cultivateurs d'algues, un marchand de nouilles innocent, une femme possédée, un clan de ninja chauve-souris, une guilde d'assassins, un mystérieux prêtre médecin, et Inazuma, une femme samouraï aux lourds secrets. Plus d'une fois, il se retrouve en grand danger, mais après tout, tel est le lot de ceux qui défient quotidiennement la mort...