L'assassinat d'une shinobi dans le quartier de Nerima inquiète aussi bien la police que l'organisation ninja officielle. La kunoichi a été attaquée par un combattant à l'efficacité redoutable et à la présence quasi indétectable. Son matériel de défense surpassant celui de N. I. N, une enquête poussée s'organise. Dans le même temps, Kûro, entraîné par un autre gamin de son lycée se prépare à attaquer l'académie Yankî, véritable repaire de racailles...