Résumé :

Le Choc des cent machines a abouti à l'annihilation pure et simple du camp du bien. Dans une tentative désespérée de remonter le temps. God Ultimo provoque une distorsion spatio-temporelle qui déchaîne la fin du monde... XXIe siècle, Tokyo Ouest, un jour avant le Choc des cent machines. Yamato a retrouvé sa vie de lycéen ordinaire. mais la vision de l'apocalypse causé par les Dôji demeure en lui. Il décide donc d'éviter à tout prix sa rencontre avec Ultimo.
Mais si ses amis vivent à nouveau, c'est aussi le cas de ses pires ennemis.