C'est Jeph Loeb (Hulk, Batman: Silence) qui assure le scénario de ces deux épopées, qui vont totalement chambouler l'univers Ultimate. Tout d'abord, dans Ultimates 3, dessiné par Joe Madureira (Battle Chasers), les Ultimates enquêtent sur la mort de l'un des leurs. Ensuite, tous les héros de l'univers Ultimate se réunissent pour Ultimatum, un crossover au cours duquel Magnéto déclare la guerre au monde. C'est David Finch (Ultimate X-Men) qui dessine cette deuxième saga.