Après une attaque-suicide des forces d'auto-défense contre les aliens dont Segami a été témoin, la mère de ce dernier lui fait part d'une triste nouvelle qui renforce sa détermination à combattre. Il rejoint alors "Rebellion" accompagné des Small 3 et décide de prendre part à la "mission Shibuya" menée par des troupes lourdement armées. Pendant ce temps, Futaba se réveille à bord du vaisseau ennemi et se retrouve encerclée par des soldats qui l'attaquent sans prévenir, l'obligeant à se battre contre la menace extraterrestre !