Dans un futur proche, au 21 siècle... Tandis qu'à l'académie, Sasha affronte Fujiomi pour des raisons mystérieuses, Tomo se réveille à Magnolia, le paradis des Apôtres. Si les intentions de ses hôtes semblent louables, leurs méthodes ne manquent pas de la choquer profondément. Qui plus est, certains au sein de l'organisation cultivent de très sombres desseins...