Après avoir trouvé Excalibur, Link se retrouve plongé dans un sommeil de sept ans. A son réveil, rien n'est plus comme avant. La terre d'Hyrule toute entière est envahie par le pouvoir maléfique de Ganondorf. Pour contrer le mal, Link se dirige vers les temples de la forêt et du feu où il espère trouver l'aide des sages.