Septembre 1945, Tokyo. La guerre est finie. Le commandement suprême des forces alliées, GHQ, effectue des opérations strictement confidentielles pour neutraliser les armes humaines nommées " variants ", créées par l'unité 731 de l'Armée impériale japonaise. Ces variants doivent être abattus jusqu'au dernier mais, niant la défaite japonaise, ils intensifient leur lutte et enchaînent les attentats contre le GHQ et les civils.
Kankurô Konoe et Saika parviennent à éliminer les variants les uns après les autres... jusqu'au 26 février 1946, où un événement imprévu frappe la capitale ! Un nouvel attentat fait 32 morts. Litchi Gotô, l'instigateur des attentats, s'avère être une vieille connaissance de Kankurô.