Arrivée sans encombre dans le passé, Hakaze parvient à retrouver Aika Fuwa avant que celle-ci ne meure et découvre les raisons de sa mort mystérieuse. Pendant ce temps, dans le présent, l'humanité localise au beau milieu de l'océan ce qui semble être le tronc de l'arbre des Origines, apparu récemment sans que personne ne s'en rende compte. Face à cet arbre titanesque, à l'aura quasi divine, les pays du monde entier décident de le protéger coûte que coûte, compliquant les efforts de Yoshino et de son groupe. Quelle décision prendront-ils donc suite aux révélations de la princesse Hakaze, de retour du passé?