Botan, qui avait décidé d'arrêter de participer à la mission T, traverse une phase difficile. Cependant, nos protagonistes vont retrouver le journal de sa mère, racontant son passé, la naissance de notre héroïne ninja et son état d'esprit avant de mourir. Le grand-père de Botan lui révèle également la véritable identité de son père... Ces informations vont être déterminantes et encourager notre héroïne à réintégrer l'équipe pour mener à bien leur mission.
De son côté, le FBI pourrait bien héberger un traître en son sein...