Cent ans se sont écoulés depuis la guerre entre les espèces vivantes et l'Alliance Robotique. A bord du vaisseau Phoenix, Saphir et ses pirates de l'espace résistent tant bien que mal au joug de l'Alliance Robotique qui contrôle désormais 90% de l'univers. L'équipe du Phoenix réussit à secourir le patient Alpha qui s'avère être Atom, le héros mythique de l'Alliance Robotique, pourtant censé être tombé au combat cent ans plus tôt.
Pour sortir Atom du profond coma dans lequel il se trouve, Black Jack relie les implants cérébraux de Fire et d'Atom.