Black Jack rejoint l'équipage de Saphir et réussit à les libérer d'un étrange parasite qui bloquait leur navette. Le vaisseau reprenant vie, il révèle à ses occupants qu'il est en fait le Phoenix, symbole de l'union de tous les peuples et robots de l'univers. Entretemps, Atlas est arrivé à El Nido. Il enrage de ce qu'il trouve. Mais une discussion avec Uran révèle qu'Atlas possède en fait le même corps qu'un certain Atom, grand héros et martyr disparu de la première guerre entre biologiques et robots.