Alors que les monstres se multiplient aux quatre coins du Japon, le bureau gouvernemental pour la lutte contre les kaijus dresse un bilan de ces apparitions. Sur mer, sur terre ou dans les airs, ils doivent être partout pour contrer les créatures. Heureusement, le Bureau a créé des humains hybrides, dotés de pouvoirs physiques stupéfiants, pour aller combattre les monstres. Il reste qu'un de ces monstres semble invincible, tout en étant visiblement le mâle alpha parmi ces apparitions. Le Bureau décide donc de cibler la créature.