Malgré l'apparition de Knuckles et la guérison de Bunnie, les choses vont mal pour Sonic! Sally est devenue un robot géant aux mains du Docteur Eggman, et ce dernier projette de lancer l'attaque ultime de l'Oeuf de la mort, qui pourrait blesser encore plus grièvement les amis de Sonic. Pire, dans l'ombre, l'infâme magicien noir Ixis Naugus complote et c'est tout le royaume qui est en péril? Au secours!