Le Dr Eggman n'est pas mort! Il a réussi à s'échapper de justesse et compte mener à bien son plan diabolique: robotiser entièrement la planète. Sonic se lance à sa poursuite, avec l'aide précieuse de ses amis et du petit génie Tails. Mais tous ne sont pas d'accord sur les moyens à utiliser pour réussir la mission. Dès lors deux groupes se forment. Et ce n'est peut-être pas le meilleur choix pour vaincre leur ennemi.