La Seele lance une nouvelle attaque! Shinji et ses amies doivent retourner dans l'espace virtuel pour y faire face. Mais devant la puissance de feu de leur adversaire, ils sont contraints de se replier. Prenant toute l'équipe par surprise, Gendô décide alors de les remplacer afin de gagner du temps et permettre la conception de nouvelles armes! Dans ce tome 12 des aventures "écolières" d'Evangelion, Gendô se mouille pour sortir Shinji de l'impasse!