Après une contamination accidentelle avec une substance inconnue dans les égouts de la ville, le Roi des rats constate que sa capacité à contrôler les rongeurs diminue. Mais à la place, il développe la capacité d'influencer les reptiles, ce qui va compliquer la vie des chevaliers d'écaille ! Ensuite, le professeur McGuffin demande aux tortues de partir en expédition au fond de l'océan... où les héros découvriront Turtlantis, une civilisation subaquatique qui vénère les tortues ! Puis, après avoir appris que Shredder a volé une mystérieuse météorite au laboratoire TCRI, Donatello capte un signal interdimensionnel provenant des marais du Sud, qu'il pense être lié à l'affaire, et reçoit l'aide des Grenouilles Mutantes !