Un virus inconnu a décimé l'humanité. Seuls les enfants ont survécu au fléau et vivent dans une cité souterraine sous la domination des vampires. Yûichirô Hyakuya, un jeune garçon courageux réussit à s'enfuir au prix du sacrifice de plusieurs de ses compagnons qu'il promet de venger. Quel monde va-t-il découvrir à la surface ? !