Dans un monde où la Terre s'est recouverte de sable, un samouraï atypique du nom de Sahara erre seul. Il affronte les nombreux guerriers mécaniques qui rôdent hors des villes avec une étrange épée qui peut prendre la forme de différentes fleurs et plantes. Un jour, il rencontre Yae, une jeune fille qui cherche à rejoindre la vallée de l'arbre-monde, persuadée que celle-ci a été épargnée par les sables et que le bourgeon de la vie existe encore là-bas.
Sahara décide alors de la suivre dans son périple. Parviendront-ils jusqu'à l'arbre-monde ?