En réglant son litige avec Garfiel, opposé à la libération du Sanctuaire, Subaru surmonte finalement l'épreuve que lui a imposée le destin ; un nouveau combat peut maintenant commencer. De son côté, Emilia se dresse face au Tombeau : ses souvenirs, scellés au plus profond d'elle, se dévoilent ! Pendant ce temps, le jeune homme et ses compagnons découvrent une vieille histoire, celle de la création des lieux, racontée par Cima, l'une des répliques de Lewes.
Coïncidence ou pas, les événements ressurgissent en même temps, revenant ensemble des abîmes du passé : celui d'Emilia lui donne la force de continuer, celui du Sanctuaire permet à Subaru de comprendre l'origine des regrets de la fillette qu'il s'est juré de sauver...