A présent que la véritable nature des Puella Magi est révélée, Sayaka et Kyôko poursuivent leurs aventures, tandis que Madoka n'a d'autre choix que de les soutenir. Kyubey espère toujours qu'elle devienne une Puella Magi, mais Akemi est déterminée à l'en empêcher coûte que coûte. Pourquoi est-elle aussi désespérée ? Comment Madoka finira-t-elle par affronter ses propres sentiments ? Assistez au dénouement de cette bouleversante histoire de "magical girls" !