Un matin, Steveun, 13 ans, engloutit en même temps que son bol de céréales le sous-marin miniature offert dans son paquet de « Chocomiams ». Lorsque l'engin atterrit dans l'estomac, Pistou et Chimou, deux petites bactéries, y voient l'occasion de partir à l'aventure. Commence alors une exploration palpitante du corps humain, tout en rebondissements. Poursuivis par un affreux virus, traqués par les globules blancs, les deux héros microscopiques mettent l'organisme sur le pied de guerre et menacent le début de la puberté !