Lumières ou ténèbres? Le choix qui s'offre à Negi n'est pas sans conséquence, tandis qu'il cherche à tout prix un moyen de vaincre le terrible Fate. Quoi qu'il en soit, l'épreuve qui l'attend sera des plus terribles... Pendant ce temps, les élèves de la 3-A, dispersées dans le monde magique se découvrent toutes différents talents. Yue, en particulier, fait des progrès fulgurants... alors même qu'elle a perdu la mémoire!