L'arrivée dans le monde magique tourne au cauchemar : Negi est attaqué avec violence par Fate et frôle la mort. Lui et ses élèves se retrouvent ensuite dispersés aux quatre coins de cet univers fantastique suite à un sort de « transfert forcé ». Akira, Chisame, Natsumi et les autres ne sont pas au bout de leur surprise, de nombreux dangers les attendent sur la route qui les mènera à Megalomesembria, la capitale magique...