A l'âge de 20 ans, il reçoit déjà le prix "Hope Step" -décerné par les éditions Shueisha aux jeunes auteurs à l'avenir prometteur- pour son court récit intitulé "Karakuri". Le prix Hope Step fut auparavant attribué à des mangakas aujourd'hui devenus incontournables tels que Yoshihiro Togashi (HxH, Yuyu Hakusho), Nobuhiro Watsuki (Ruroni Kenshin) et Eiichiro Oda (One Piece). On peut d'ailleurs trouver "Karakuri" dans le 18e recueil des lauréats du prix Hope Step paru en 1996 dans la collection Jump Comics. Quant à "Naruto", il connait une prépublication dans l'hebdomadaire Shonen Weekly Jump depuis le n°43 (1999) et, au Japon, le succès de la série ne cesse de grandir!
Il est à noter qu'il a un frère jumeau, Seishi Kishimoto, lui aussi mangaka et auteur de 666 Satan.