Quatre ninjas possédant des pouvoirs héréditaires spéciaux et provenant de différents villages disparaissent sans laisser de trace. Peu après une ombre gigantesque apparaît dans tous les pays: il s'agit de Hiruko, un ancien ninja de Konoha, qui menace les grandes puissances de déclencher un conflit global! La 4e grande guerre Ninja sur le point d'éclater, Tsunade décrète l'état d'urgence. Mais voilà que Kakashi s'évanouit dans la nature à son tour, alors qu'il est précisément porteur du dernier attribut génétique qui manque encore à Hiruko. Enfreignant les ordres, Naruto se lance à la recherche de son Maître!