Totalement indifférent tout ce qui l'entoure, Miharu Rokujô est un collégien sans histoire. Mais un jour, les Kairoshû, ninjas issus du très ancien clan Iga, tentent de l'enlever. Sauvé de justesse par des membres de son école qui se révèlent être eux même des combattants hors pair, le jeune garçon apprend que son corps renferme les écrits du "Shinrabanshô', la plus puissante technique jamais mise au point par les ninjas du monde secret de Nabari. Devenu du jour au lendemain le garçon potentiellement le plus puissant du monde, parviendra-t-il à retrouver la vie tranquille dont il rêvait?"