Totalement indifférent à tout ce qui l'entoure, Miharu Rokujo est un collégien sans histoire. Mais un jour, les Kairoshû, ninjas issus du très ancien clan Iga, tentent de l'enlever. Sauvé de justesse par les membres de son école qui se révèlent être eux-mêmes des combattants hors pair, le jeune garçon apprend que son corps renferme les écrits du "shinrabanshô", la plus puissante technqiue jamais mise au point par les ninjas du monde secret de Nabari.