Le "Jour du purgatoire", une mystérieuse brume est apparue partout sur la planète, entraînant la transformation des animaux en monstres. Les seuls humains ayant survécu sont ceux qui ont pu se réfugier sous terre. 70 ans ont plus tard, la brume mortelle est toujours là. Nagi, une jeune orpheline, va s'associer au Projet Mist Gear afin de découvrir les origines de la brume et d'y mettre fin.