Résumé :

A peine a-t-il vaincu le docteur Wily que Megaman doit déjà faire face à trois nouvelles menaces. La première vient de Bass, un robot surpuissant qui s est émancipé du docteur Wily pou réaliser son aime ambition : vaincre Megaman et prouver qu'il est le robot le plus puissant du monde. La deuxième vient de l'énigmatique Mister X qui profite d'un tournoi international de robots pour prendre le contrôle des meilleurs combattants de la compétition et ainsi conquérir la planète.
Mais le plus grand danger vient peut-être de Megaman lui-même, que son combat contre Mister X a profondément transformé et qui projette à présent de détruire l'humanité ! Ses amis parviendront-ils à le ramener à la raison ? Et Protoman, aura-t-il un rôle à puer dans cette histoire ? L'avenir du monde est plus que jamais incertain...