Persona 3 : l'adaptation officielle du RPG mondialement acclamé Arisato et ses camarades apprennent l'existence d'un site Internet proposant des services de vengeance efficaces et discrets. Qui sont les membres du groupe à l'origine du site, les mystérieux " Strega " ? Il semblerait qu'ils soient eux aussi sensibles à l'heure des ombres et capables d'invoquer un Persona ! A la même période, le jeune Ken Amada rejoint le dortoir, suivi de près par le sombre Aragaki.
Entre les deux nouveaux arrivants, les relations sont tendues...