Dans un monde où les pouvoirs surnaturels sont omniprésents, dans une ville presque exclusivement habitée par des étudiants et des chercheurs, Mikoto Misaka a la capacité de générer et contrôler l'électricité. Sa puissance et sa maîtrise la classent au niveau 5, le plus haut niveau de puissance connu. Entourée d'amies au sens de la justice poussé, elle a une vie de collégienne relativement normale... mais une nette tendance à attirer les ennuis ! Et lorsque d'étranges évènements surviennent au sein de la Cité Académique, la célèbre "Railgun" ne pourra pas rester de marbre !