Manji a vaincu Sasaki Tadasaburô, l'agent du shogunat qui le poursuivait, lui et Ayame Buran. Cette dernière lui apprend que le bras droit qu'il a perdu il y a longtemps sert depuis à la poursuite des expériences sur l'immortalité dans les souterrains du château d'Edo. La jeune scientifique projette alors de s'y infiltrer pour détruire le bras avant de fuir le pays. Pendant ce temps, les fiefs de Satsuma et de Chôshû s'allient enfin contre le shogunat, à la grande joie de Sakamoto Ryôma.
Mais celui-ci doit faire face à une nouvelle tentative d'assassinat et Manji aura bien du mal à le garder en vie.