En 1864, quatre-vingt ans après la fin de son combat contre l'école du Ittôryû, Manji, samouraï immortel, mène une vie retirée, jusqu'au jour où il est rattrapé par le tumulte de la nouvelle époque qui s'annonce... Sur fond d'ouverture forcée du Japon à l'Occident après plus de deux siècles d'isolement, Manji se retrouve mêlé aux jeux de pouvoirs et à la guerre sanglante que se livrent les partisans de la restauration de l'empereur et les forces fidèles au shogun en place.
De quel côté l'immortel fera-t-il pencher l'Histoire d'un pays sur le point de sombrer dans la guerre civile ?